Комсомольский заповедник организован по распоряжению Совета Министров РСФСР № 4297-р от 3 октября 1963 г.
Первым исполняющим обязанности директора Комсомольского заповедника был известный ученый Феликс Робертович Штильмарк, который впоследствии работал в заповеднике первым младшим научным сотрудником.
Территория изначально располагалась на правом берегу реки Амур напротив города Комсомольска-на-Амуре и включала в себя два участка: основной - Пиванский (в бассейне рек Бельго, Пивань и Муха) и Гурский филиал (первоначально называемый Хунгарийским - левый берег реки Гур, ранее Хунгари), расположенные друг от друга на 100 км. Вся охраняемая территория составляла 32,2 тыс.га.
Гурская часть сильно пострадала от лесных пожаров засушливой осенью 1976 года. Пиванская часть, расположенная в непосредственной близости от населенных пунктов, постоянно испытывала значительное антропогенное воздействие. В 1977 году был поставлен вопрос о переносе заповедника на другую территорию.
15 августа 1980 г. заповедник «Комсомольский» был перебазирован на левобережье реки Амур, в приустьевую часть реки Горин. Новая территория почти в два раза превышала прежнюю. В 1987 г. в заповеднике была установлена охранная зона шириной в 1 км. В 1997 году в охранную зону вошли острова Горюн, Полустановский, урочище Ченки. Современная площадь Комсомольского заповедника 64,4 тыс.га.
Существенным достоинством территории заповедника, лежащей в устье реки Горин, является ее близость к г. Комсомольску-на-Амуре, транспортная доступность и, конечно, красивая дикая природа.
Сплав по заповедной реке Горин является одним из самых увлекательных путешествий по Комсомольскому заповеднику. Спокойное, плавное течение реки позволяет слиться с природой, оказаться с ней буквально на одной волне! Созерцание живописных пейзажей горных рядов и приречных низин впечатляет не только новичков, но и бывалых путешественников.
По левому берегу реки, на самом узком ее участке, можно увидеть штольни –рукотворные пещеры, созданные в 30-х годах для планируемой ГЭС, строительные работы по которой свернуты в связи с началом Великой Отечественной войны.
Главной достопримечательностью заповедника является мыс «Первый Бык»- священное место нанайцев, коренных жителей Приамурья. С естественной смотровой площадки открывается удивительно красивый вид на пойму реки Горин, образующую подобие «сердца заповедника». Это место стало визитной карточкой его территории.