Заповедник «Болоньский» был создан 18 ноября 1997 года на базе существовавшего ранее краевого комплексного заказника «Симминский». Расположенный в северо-восточной части Средне-Амурской низменности в центре водно-болотных угодий долины нижнего Амура, заповедник занимает междуречье рек Симми и Сельгон, включая мелководные дельтовые озера Килтасин и Альбите.
Северная граница заповедника прорезает дельту реки Харпи и южную часть акватории озера Болонь. Общая площадь 103,6 тыс.га. Территория заповедника расположена в Амурском и Нанайском административных районах.
Жемчужиной водно-болотных угодий является озеро Болонь, которое по своим характеристикам может быть отнесено к реликтовым. Озеро Болонь и устья рек Сельгон и Симми включены в список водно-болотных угодий Рамсарской конвенции и получили международный статус в 1994 году.
Растительность заповедника входит в водный реликтовый комплекс Болонь-Халта-Хывэн. Густая сеть рек и озер определяет специфику территории, около 80 % которой занимают болота. Лесные типы растительности представлены исключительно на релках. В основном это березово-осиновые и лиственнично-дубовые группировки, разделенные болотами и лугами.
Наибольшую ценность для заповедника представляют релочные участки широколиственного леса с участием ясеня маньчжурского, бархата амурского, липы амурской, дуба монгольского, элеутерококка и лещины, с лианами винограда амурского и лимонника китайского.
Луговая растительность представлена вейниковыми и осоковыми лугами из вейника Лангсдорфа, осоки придатковой, осоки Шмидта и др. Разнотравные луга занимают небольшие площади, но вносят большойё вклад в биоразнообразие заповедника.
Водные сообщества растительности представляют особый интерес, так как они включают реликтовые виды: болотноцветник щитолистный, водяной орех амурский, камыш восточный, Табернемонтана, клубнекамыш Ягары, а также заросли дикого риса – цицании широколистной. Эти растения являются кормовой базой большого числа животных.
Описано более 400 видов сосудистых растений заповедника. Диоскорея ниппонская, ирис мечевидный, пион обратнояйцевидный, трапелла китайская, бородатка японская и гастродия высокая внесены в Красные книги РФ и Хабаровского края.
Главную ценность животного мира заповедника составляют птицы орнитологического комплекса бассейна р. Амур. Территория обладает богатейшей кормовой базой для многочисленных стай мигрирующих птиц. В заповеднике пересекаются два миграционных пути: по первому птицы летят весной с юго-востока Китая, Кореи, через озеро Ханка на север по долине реки Уссури, а по второму – из восточных районов Китая по долине р. Сунгари с выходом на Амур и далее вниз по его пойме на север в район заповедника.
Здесь встречается большинство видов перелетных птиц, характерных для Приамурья и юга Дальнего Востока. Весной и осенью в заповеднике находят отдых и корм многочисленные стаи лебедей, гусей, уток, куликов и журавлей, дневных хищников и мелких птиц. Преобладают птицы, связанные с водно-болотными местообитаниями.
Около 7 видов перелетных птиц отнесены к глобально угрожаемым по последнему списку Международного Союза Охраны Природы. Это – дальневосточный аист, японский журавль, сухонос, пискулька, белоплечий орлан, лопатень и чёрный журавль. Дальневосточный аист и японский журавль здесь успешно размножаются, причем для последнего бассейны рек Симми и Харпи являются северным пределом распространения вида.
Еще один очень редкий вид птиц – черный аист наблюдался на близлежащей к заповеднику территории в недалеком прошлом. На территории заповедника отмечено 22 вида птиц, внесенных в Красную книгу РФ, 35 нуждающихся в охране видов птиц, из орнитологического комплекса оз. Болонь, занесены в Красную книгу Хабаровского края.
Ежегодно в период весенней и осенней миграции здесь останавливается на отдых и кормежку несколько сотен тысяч птиц различных видов. В первую очередь следует выделить такие массовые пролетные виды как белолобый гусь, гуменник, кряква, чирки, свистунок и трескунок, крохали. В летний период, около 25% видов водоплавающих птиц, обитающих в Хабаровском крае, гнездятся в заповеднике «Болоньский». Огромное значение заповедник имеет для воспроизводства колониально гнездящихся видов птиц. К ним относятся большой баклан, серая цапля, чайки и крачки семи видов.
Окружающие озеро равнины летом являются кормовыми угодьями для лося, мигрирующего сюда с хребта Джаки-Унахта-Якбыяна для отела и выращивания молодняка. Обычны сибирская косуля и бурый медведь. Среди млекопитающих характерны виды, связанные с водными и прибрежными местообитаниями.
На территории заповедника отмечено 35 видов млекопитающих, из которых 18 обитают постоянно: выдра, ондатра, енотовидная собака, колонок, барсук, лисица, заяц-беляк, акклиматизированная американская норка. Встречаются также волк, кабан, изюбрь. Обитают несколько видов землероек и мышевидных грызунов.
Озеро Болонь, дельтовидные водоемы и впадающие в него реки являются важнейшими летними стациями многих рыб амурского ихтиокомплекса. Отмечено 55 видов рыб. Из них 5 видов: сом Солдатова, китайский окунь (ауха), черный амурский лещ, черный амур, желтощек - включены в Красную книгу Хабаровского края.
Весьма разнообразен мир насекомых «Болоньского» заповедника. Видовой список, составленный энтомологами, насчитывает 1083 вида, среди которых большим разнообразием отличаются водные насекомые. Из них 17 видов – стрекозы – самые быстро летающие насекомые, личинки которых живут в воде.
Фауна заповедника включает представителей амфибий – 7 видов и рептилий – 2 вида.
Среди них - дальневосточная черепаха (трионикс, амида), представитель южной фауны, редкий реликтовый вид, хищник. Зарегистрированы единичные заходы её в водоёмы заповедника.