Под управлением ФГБУ «Заповедное Приамурье» находятся государственные природные заповедники «Большехехцирский», «Болоньский» и «Комсомольский», национальные парки «Анюйский» имени В.К. Арсеньева и «Шантарские острова», государственные природные заказники федерального значения «Баджальский», «Ольджиканский», «Удыль», «Хехцирский» и памятник природы регионального значения «Силинский лес», расположенные в Хабаровском крае.