Научно-исследовательская деятельность на территории заповедников и национальных парков ФГБУ «Заповедное Приамурье» направлена на изучение природных комплексов и естественного хода процессов, протекающих в природе, выявление взаимосвязей между отдельными частями природного комплекса, разработку научных основ охраны природы и сохранения биологического разнообразия биосферы.
Научно-исследовательская работа на ООПТ, входящих в состав ФГБУ «Заповедное Приамурье», осуществляется силами сотрудников научного отдела объединенной дирекции с привлечением специалистов научно-исследовательских институтов и заинтересованных природоохранных организаций на основе заключенных договоров о сотрудничестве.
Сохраняется преемственность направлений мониторинговых исследований, ранее проводимых в отдельных заповедниках и национальных парках ФГБУ «Заповедное Приамурье». Начата большая работа по обобщению массивов информации и созданию объектных баз данных по территориям национальных парков.
Одно из главных направлений в работе научного отдела занимает комплексный экологический мониторинг, ведущийся по программе Летописи природы. Направления мониторинга отражают биогеографическую специфику четырех особо охраняемых природных территорий, каждая из которых – уникальный уголок природы.
Научная ценность этих ООПТ определяется рядом характеристик, главные из которых:
· Редкое сочетание и разнообразие южных и северных форм лесной растительности на небольшой территории заповедника «Большехехцирский» привлекают исследователей дальневосточных лесов.
Изучение видового богатства, большого количества реликтовых, редких и исчезающих видов растений имеют важное значение для познания флоры региона. В течение всего вегетационного периода на постоянных пробных эколого-фитоценотических площадях, а также на постоянных маршрутах заповедника проводятся наблюдения. Многообразием отличается и фаунистический комплекс, в котором представлены все классы позвоночных животных и выявлена высокая видовая насыщенность беспозвоночными.
· Уникальная возможность наблюдений в заповеднике «Болоньский» за пролетом водоплавающих на основном транзитном миграционном пути птиц из стран азиатско-тихоокеанского региона, за численностью популяций водных и околоводных птиц водно-болотного комплекса, в том числе гнездящихся, за гнездованием редких исчезающих видов: дальневосточного аиста / Ciconia boyciana /, японского журавля / Grus japonensis / на северной границе ареала, крупной группировкой гнезд орлана-белохвоста / Haliaeetus albicilla / в естественной среде обитания. Изучение естественного хода процессов, протекающих в водно-пойменных экосистемах оз. Болонь.
· Горно-таежные экосистемы северо-западного сектора Сихотэ-Алиня в национальном парке «Анюйский» представляют собой комплекс малонарушенных лесов в бассейне Нижнего Амура. Произрастание на территории парка целого ряда редких видов растений и обитание воспроизводственных популяционных группировок амурского тигра, белогрудого медведя подчеркивают функционально важную и природоохранную роль национального парка. Велика роль р. Анюй – главной лососевой реки на особо охраняемой природной территории. Выраженное участие кедра корейского, определяющее формационный состав ценных древостоев хвойных пород и широкое распространение лиственничных марей отличают эту территорию от других ООПТ.
· Уникальность наземных и водных экосистем национального парка «Шантарские острова» заключается не столько в видовом богатстве и в эндемизме ее представителей, а в сосуществовании различной по происхождению и экологии биоты в одном пространственном контуре 15 островов Охотского моря, где виды растений и животных образуют сложные по составу и строению комплексы с типичными чертами северной тайги и горной тундры. Специфику биологического разнообразия парка определяют представители охотско-камчатской флоры и фауны. Острова Шантарского архипелага уникальны по обилию необычных форм рельефа, редкому сочетанию видов растений и животных и их сообществ. Эта ООПТ единственная имеет морскую акваторию, населенную богатым миром морских представителей флоры и фауны. Изучение морских млекопитающих относится к приоритетным исследованиям.